Candide est un jeune homme naïf qui grandit en Westphalie dans le château du baron de Thunder-ten-tronckh. Il y reçoit les enseignements du docteur Pangloss, un philosophe qui lui inculque l'optimisme absolu, affirmant que tout va pour le mieux dans le meilleur des mondes possibles. Cependant, la vie de Candide bascule lorsqu'il est chassé du château après avoir été surpris en train d'embrasser Cunégonde, la fille du baron.
Livré à lui-même, Candide est enrôlé de force dans l'armée des Bulgares. Il subit les horreurs de la guerre, assiste à des massacres effroyables et finit par déserter pour fuir vers la Hollande. C'est là qu'il retrouve son ancien maître Pangloss, défiguré par la syphilis. Pangloss lui apprend que le château a été détruit par les Bulgares et que Cunégonde a été violée et tuée. Recueillis par un bon anabaptiste nommé Jacques, ils s'embarquent tous trois pour le Portugal.
À leur arrivée à Lisbonne, un terrible tremblement de terre détruit la ville. Jacques meurt tragiquement en mer, tandis que Candide et Pangloss survivent pour assister au désastre terrestre. Pour conjurer la mauvaise fortune et empêcher d'autres séismes, les autorités locales organisent un auto-da-fé. Pangloss est pendu pour ses idées philosophiques et Candide est fessé publiquement. Blessé et désorienté, le jeune homme est secouru par une mystérieuse vieille femme qui le soigne en secret.
La vieille conduit ensuite Candide auprès de Cunégonde, qui est en réalité vivante. Elle raconte avoir survécu au massacre, pour être ensuite vendue à un banquier juif, Don Issachar, et partagée avec le Grand Inquisiteur de Lisbonne. Les retrouvailles amoureuses sont interrompues par l'arrivée surprise de Don Issachar, puis du Grand Inquisiteur. Pris de panique et pour défendre sa vie, Candide tue successivement les deux hommes.
Obligés de fuir immédiatement pour échapper à la justice, Candide, Cunégonde et la vieille s'enfuient à cheval vers Cadix, en Espagne. Durant le voyage, ils se retrouvent totalement dévalisés, sombrant dans une profonde détresse matérielle. Pour redonner du courage à Cunégonde qui se plaint de ses malheurs, la vieille décide de leur raconter sa propre histoire. Elle révèle qu'elle est la fille d'un pape, autrefois princesse, mais que sa vie n'a été qu'une suite ininterrompue de tragédies, de viols, de mutilations et d'esclavage à travers la Méditerranée.
Arrivés à Cadix, Candide obtient le commandement d'une compagnie d'infanterie grâce à son expérience chez les Bulgares. Le groupe s'embarque alors sur un navire en partance pour l'Amérique du Sud, espérant y trouver enfin le bonheur. Cependant, à leur débarquement à Buenos Aires, le gouverneur local s'éprend immédiatement de Cunégonde. Au même moment, la justice espagnole retrouve la trace du meurtre du Grand Inquisiteur à Lisbonne. Alerté par la vieille du danger imminent d'arrestation, Candide se voit contraint de fuir à nouveau précipitamment, abandonnant malgré lui Cunégonde.