Candide rencontre un gueux effroyable et défiguré, qui se révèle être son ancien maître, le docteur Pangloss.
Pris de compassion, Candide lui offre les deux florins qu'il a reçus de l'anabaptiste Jacques et le conduit à l'étable pour le nourrir. Une fois Pangloss rétabli, Candide s'enquiert du sort de Mademoiselle Cunégonde et du château de Monsieur le baron.
Pangloss lui révèle alors la terrible vérité : Cunégonde a été éventrée par des soldats Bulgares après avoir subi de multiples viols. Le baron, tentant de la défendre, a eu la tête cassée, la baronne a été coupée en morceaux, et le jeune baronnet a connu le même sort que sa sœur. Le château a été rasé, ne laissant "pas pierre sur pierre". Candide s'évanouit d'horreur à ce récit.
Revenu à lui, Candide demande à Pangloss la cause de son état lamentable. Le philosophe explique que c'est l'amour, en la personne de Paquette, la soubrette de la baronne, qui l'a infecté d'une maladie vénérienne (la syphilis). Il retrace la généalogie de cette maladie, qui de Paquette remonte à un cordelier, puis à une vieille comtesse, un capitaine de cavalerie, une marquise, un page, un jésuite novice, et enfin à l'un des compagnons de Christophe Colomb, qui l'aurait contractée dans une île d'Amérique. Malgré la souffrance qu'elle engendre, Pangloss la justifie comme un "ingrédient nécessaire" dans le meilleur des mondes, car elle est liée à l'obtention du chocolat et de la cochenille. Il constate également son immense propagation, notamment parmi les armées européennes.
Horrifié mais déterminé à aider, Candide insiste pour que Pangloss soit soigné. Sans argent, Pangloss ne peut se faire traiter. Candide se jette alors aux pieds de Jacques l'anabaptiste, décrivant la misère de son ami. Le bonhomme accepte de recueillir Pangloss et de payer pour sa guérison. Pangloss perd un œil et une oreille durant le traitement, mais ses compétences en écriture et en arithmétique lui permettent d'être embauché par Jacques comme teneur de livres.
Deux mois plus tard, Jacques, contraint de se rendre à Lisbonne pour affaires, embarque Candide et Pangloss sur son navire. Durant le voyage, Pangloss maintient sa doctrine selon laquelle "tout est on ne peut mieux". Jacques, en désaccord, argumente que les hommes ont corrompu la nature, étant devenus des loups les uns pour les autres, et qu'ils ont créé des instruments de destruction. Pangloss réplique que "les malheurs particuliers font le bien général". Tandis qu'il argumente, l'air s'obscurcit et une terrible tempête s'abat sur le vaisseau à l'approche du port de Lisbonne.